Бассейн Амударьи
Водные ресурсы Амударьи используются главным образом для орошения земель (свыше 90%). В современных условиях водное хозяйство в бассейне Амударьи испытывает большие затруднения, особенно в весенние месяцы, когда из-за малых расходов и низких горизонтов воды становится невозможным забор воды в оросительные системы. В течение трех последних лет для обеспечения забора воды в оросительные системы Амударья в низовьях перекрывалась временными плотинами различного типа.
С развитием орошения до 3,0—3,3 млн. га (отбор воды в строящиеся Каракумский, Каршинский, Аму-Бухарский и другие каналы) трудности в водообеспечении ирригационных систем, расположенных в нижнем течении Амударьи, сильно возрастут. В маловодный год 90% обеспеченности дефицит достигнет 2— 3 км3 в год.
Для покрытия возрастающего водопотребления необходимо регулирование стока Амударьи водохранилищами, как на самой реке, так и внутрисистемными (в составе наиболее крупных ирригационных систем).
Одновременно со строящимся Нурекским водохранилищем полезной емкостью 4,5 км3 следует создать в нижнем течении реки Тюя-Муюнское водохранилище с полезной емкостью около 5 км3 и в верхнем течении — Рогунское водохранилище с полезным объемом 8,6 км3. Это позволит почти полностью зарегулировать сток Амударьи и обеспечить потребности в воле народного хозяйства в расчетные маловодные годы.
Дальнейшее развитие орошаемого земледелия в бассейне Амударьи потребует привлечения стока из других бассейнов, богатых водными ресурсами.
Бассейн Сырдарьи
В бассейне Сырдарьи сейчас эксплуатируются Кайраккумское, Чардаринское и несколько водохранилищ на малых реках с суммарной полезной емкостью 7,4 км3.
На р. Нарын строится Токтогульское водохранилище полезным объемом 14 км3, после ввода которого будет обеспечено регулирование стока Сырдарьи в многолетнем разрезе.
Современные водные ресурсы Сырдарьи вскоре будут полностью исчерпаны. Уже в ближайшие годы намечается дефицит воды в объеме около 3 км3, а в дальнейшем дефицит возрастет до 6—7 км3.
Рост водопотребления можно покрыть вводом в строй Токтогульского и ряда других водохранилищ, после чего водные ресурсы Сырдарьи будут практически полностью исчерпаны и последующее развитие орошения может осуществляться только за счет коренною улучшения использования воды и подвода се из внешних источников.
Некоторые дополнительные объемы воды могут быть получены за счет дальнейшего уменьшения потерь в ирригационных системах, уменьшения поливных норм. Эти необходимые мероприятия, требующие значительных средств и времени для реконструкции существующих систем, не решают задачи водообеспечения народного хозяйства бассейна Сырдарьи на отдаленную перспективу. Развитие орошаемого земледелия в бассейне Сырдарьи потребует привлечения стока из других бассейнов. Эта проблема может быть решена в комплексе с проблемами бассейна Амударьи и Аральского бассейна в целом.