Вибрация реакторного оборудования может достигать значений до 100 мкм ср. кв. и выше) и представлять опасность для его механической прочности.
Повышенные вибрации и шум шунтирующих реакторов объясняются конструкцией их магнитных систем с немагнитными зазорами (рис. 10).
В дополнение к магнитострикционным силам, силы магнитного притяжения, возникающие в зазорах с периодичностью рабочего напряжения, повышают вибрацию элементов магнитной системы в продольном направлении. Кроме того, выпучивание магнитного потока в зазорах вызывает появление его поперечной составляющей и, соответственно, изгибные колебания магнитной системы.
Для снижения уровня вибраций такого рода, в зазорах устанавливаются дистанцирующие элементы из материала с повышенной жесткостью, например, из фарфора. В мощных (60-300 МВ-А, 500-1200 кВ) безстержневых шунтирующих реакторах с монолитными системами броневого и ярмового типа проблема вибрации решайся с помощью размещаемой в   фарфоровой стойки, на которую опираются окончания С-образных магнитных шунтов  (рис. 10, б), или ярем (рис. 10. в).

Вилы конструкций магнитных систем реакторов
Рис. 10. Виды конструкций магнитных систем реакторов: а — стержневая магнитная система с немагнитными зазорами в стержне; б — броневая магнитная система; в — ярмовая магнитная система; 1 — магнитная система; 2 — немагнитная прокладка в зазоре; 3 — обмотка; 4 — шунты броневой магнитной системы; 5 — фарфоровая стойка; б — ярмо магнитной системы.

Для виброизоляции от бака часто применяется установка активной части на демпфирующие элементы. Активная часть шунтирующих реакторов большой мощности устанавливается на пружинных амортизаторах.
Особого внимания в шунтирующих реакторах требует обеспечение отсутствия резонансов отдельных частей бака. Зачастую эти резонансы связаны с технологией изготовления баков, влиянием сварки и т.д. Устранение таких «технологических» резонансов осуществляется на стадии приемо-сдаточных испытаний.